Уже 7 августа состав из 40 вагонов с людьми, оборудованием и материалами отправился в столицу Марийской АССР и через неделю был на месте. Надо сказать, что в дороге ученые не теряли времени даром. Так, самое важное свое изобретение – менисковый телескоп – Дмитрий Максутов сделал во время эвакуации где-то на пути между Муромом и Арзамасом.
По прибытию в Йошкар-Олу в наскоро приспособленных силами сотрудников института под лаборатории помещениях недостроенного лесотехнического института на окраине города ученые ГОИ подчинили всю свою деятельность нуждам фронта. Так, в лаборатории люминесценции продолжались разработки методов световой маскировки, устройств подсветки шкал военных приборов, светящихся составов для нанесения надписей и указателей, люминесцентных ламп для подводных лодок, устойчивых к торпедным атакам.
С.И. Вавилов по пути на работу. Йошкар-Ола, 1942 год
В лаборатории научной фотографии создали фотокамеры и высокоразрешающие фотопленки для наземной и воздушной разведки, а также специальные светофильтры и объективы для фотографирования в ультрафиолетовом и инфракрасном диапазонах, позволяющих увидеть замаскированные объекты.
Лаборатория спектрального анализа занималась изучением боевых отравляющих веществ, а в светотехнической лаборатории велись работы по исследованию прожекторных систем.
Огромный объем работ в годы войны был выполнен вычислительным отделом по расчету длиннофокусных и светосильных объективов для аэрофотосъемки и телеобъективов для наземной фотосъемки далеких объектов.
Большую помощь научным лабораториям оказал экспериментально-производственный отдел ГОИ, воплощая «в стекле и металле» новые разработки. Так, в течение 1942–1944 годов в институте было изготовлено свыше 45 000 приборов 320 наименований.
Заседание ученого совета ГОИ. Йошкар-Ола, 1943 год. На переднем плане (слева направо): М.В. Савостьянова, А.Г. Самарцев, В.В. Варгин, Г.П. Фаерман, В.П. Линник, Т.П. Кравец, А.А. Гершун, И.В. Гребенщиков, И.В. Обреимов и М.Л. Вейгеров. Сзади (слева направо): Л.Н. Скрипкарь, В.А. Вейденбах, Л.Н. Гассовский, К.Г. Куманин, С.И. Вавилов, Д.П. Чехматаев, А.И. Тудоровский, А.Н. Теренин, М.А. Резунов, А.И. Стожаров, Г.Г. Слюсарев, К.С. Евстропьев
Уже осенью 1941 года ленинградским специалистам удалось организовать ремонт и модернизацию не только дальномеров, но и других военных оптических приборов, состоящих на вооружении армии и флота, таких как стереотрубы, бинокли, прицелы, в том числе танковые, артиллерийские буссоли, визиры и другие. Помимо этого они создали портативные фотокамеры, позволяющие морякам делать четкие снимки подбитых кораблей противника через перископ подводной лодки.
С.И. Вавилов с сотрудниками лаборатории люминесценции ГОИ. Йошкар-Ола, 1944 год. Сидят (слева направо): Б.Я. Свешников, Е.М. Брумберг, С.И. Вавилов, А.Н. Севченко. Стоят: В.В. Зелинский, Т.В. Тимофеева, П.П. Феофилов, В.А. Молчанов, З.М. Свердлов, М.В. Грушвицкая
Помимо этого, в институте продолжалась начатая еще до войны разработка конструкции полетных очков. В результате успешных испытаний опытной партии в летных частях ВВС был получен и выполнен заказ на изготовление 500 экземпляров очков.
Стоит добавить, что ленинградские специалисты ГОИ принимали активное участие в испытании и применении в реальных фронтовых условиях образцов панорамных перископических длиннофокусных фотоаппаратов, доставленных из Йошкар-Олы. Они успешно выполнили боевые задания командующего Ленинградским фронтом по фотографированию переднего края, а затем командующего Волховским фронтом по панорамной фотосъемке важных укреплений противника.
Подтверждением достойного вклада ученых в победу над врагом стало награждение ГОИ орденом Ленина в 1943 году. По итогам научных исследований и технических разработок Сталинские премии в 1941–1946 годах получили 29 сотрудников института.
В мае 1945 года состоялось долгожданное событие: из эвакуации вернулся основной состав ГОИ. Начался новый этап в жизни ленинградского оптического института.